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	<title>新开博客 &#124; 二手科学家 &#187; 实验技术</title>
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	<description>科学思考畅想，免费资源采集，网络技术分享</description>
	<pubDate>Tue, 22 Nov 2011 07:01:36 +0000</pubDate>
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		<title>China GM food safety assessment system</title>
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		<pubDate>Thu, 08 Sep 2011 19:13:14 +0000</pubDate>
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		<description><![CDATA[Chinese food safety assessment of genetically modified system has reached the world&#8217;s most stringent level. The genetically modified foods on market have been a risk assessment, compared with conventional foods, they are not at greater risk. Such a... ]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[<p>Chinese food safety assessment of genetically modified system has reached the world&#8217;s most stringent level. The genetically modified foods on market have been a risk assessment, compared with conventional foods, they are not at greater risk. Such as the marking of genetically modified foods, our approach is a comprehensive mandatory &#8220;zero threshold&#8221; logo, that is, as long as containing genetically modified organisms (greater than 0%) have identified. European identity threshold value of 0.9%, Japan 5% identity threshold, the United States the principle of voluntary identity.<br />
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		<title>花1000美元做个遗传学体检</title>
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		<pubDate>Tue, 26 May 2009 15:41:57 +0000</pubDate>
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		<category><![CDATA[23andme]]></category>

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		<description><![CDATA[“遗传学已经进入个性时代，不要担心，我们来为您服务”。这是23andMe遗传学公司的宣传标语。就在一年多前，冰岛的deCODE遗传学公司启动了一项新的直接面向消费者的服务，叫做个性化的遗... ]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[<p style="text-align: justify;">“<a href="http://sink.net.ru/2009/862/using-genetics-identify-super-girl.html" target="_blank">遗传学</a>已经进入个性时代，不要担心，我们来为您服务”。这是23andMe遗传学公司的宣传标语。就在一年多前，冰岛的deCODE遗传学公司启动了一项新的直接面向消费者的服务，叫做个性化的遗传学服务。几天后，加州的23andMe公司也推出了自己的个人<a href="http://sink.net.ru/2008/263/the-discovery-of-the-structure-of-dna-download.html" target="_blank">DNA</a>测试服务。而且在2008年11月，该公司的这项服务被<a href="http://sink.net.ru/2008/681/top-10-scientific-discoveries-in-2008.html" target="_blank">《时代》杂志</a>评为2008年度最佳发明奖。<span id="more-967"></span></p>
<p style="text-align: justify;">花费不到1000美元，deCODE和23andMe公司就能为客户提供令人振奋的机会，去了解他们独特的遗传缺陷和问题，这是通过鉴定超过50多万个<a href="http://sink.net.ru/2009/747/types-of-molecular-markers.html" target="_blank">DNA标记</a>（单核苷酸多态性，SNPs）实现的。要知道，仅仅两年前，在大量基因组水平关联研究（GWAS）开始精确找到诸如如癌症，心脏病，糖尿病，精神疾病等常见复杂疾病的易感基因之前，这种服务还是无法想象的。</p>
<p style="text-align: justify;">成立于2007 年的23andMe 并不是唯一一家做遗传学体检服务的公司，但其在价格和便利性方面具有很大的优势。在这里，普通人很容易就可以享受到DNA检测服务，获得与自己的家谱、饮食、病史等相关的信息。这可以从公司的名字就见些端倪，23andMe的含义其实很简单：“23”代表着人体中的23 对染色体，而“Me”则寓意公司宗旨是向客户提供完全个人化的基因信息。</p>
<p style="text-align: justify;">23andMe公司的后台可是<a href="http://sink.net.ru/2008/499/pr-inquire-parameter.html" target="_blank">Google</a>。早在2007年就有大量媒体报道，Google以440万美元重金入股了一家基因扫描公司23andMe。这家公司的老板不是别人，正是Google创始人之一Sergey Brin的妻子Anne Wojcicki。当时，由于Brin和Wojcicki的特殊关系，这一投资行为在业内引起了颇为热烈的讨论，多数媒体和业内人士认为，这样的做法“不合适”。这也让Google承受了不小的压力。</p>
<p style="text-align: justify;">不过，Google最近再次向人们证明，它对于基因检测的兴趣并不是一时冲动，Navigenics就是Google投资的第二家基因测试公司。而此前的3月初，Google宣布将对哈佛大学主持的一项DNA序列分析工程提供资金支持。似乎，Google对于DNA的探索越来越热衷了。</p>
<p style="text-align: justify;">有了Google技术的支持，23andMe等遗传学体检公司也利用了互联网这个互动平台。为了能让用户轻松地理解艰涩难懂的信息，它大量使用FAQ的形式，并配合着俏皮的动画形象地解释专业术语及基因原理。公司甚至还创造性地运用了社区的方式，网友们可以基于自己的基因形成独特的“圈子”，将各自个性化的页面互相链接。</p>
<p><img style="border: 0pt none;" src="http://i356.photobucket.com/albums/oo3/scird/231.jpg" border="0" alt="SNPs" width="448" height="362" /></p>
<p style="text-align: justify;">不过，我们必须认识到，个人DNA测试服务这个项目，还处在发展阶段。现在，研究人员随时都会发现新的与某种遗传性疾病有密切关系的基因。此外，一些商业个案也开始出现。</p>
<p style="text-align: justify;">目前，由于成本与技术问题，这些遗传学体检公司还只能检测出人体数亿个基因中的十几万个，所以没有一家公司敢宣称自己的信息完全准确。</p>
<p style="text-align: justify;">难以解读的数据毕竟不能代替生活全部，我们还是应从日常生活做起，合理饮食，锻炼身体，以降低一些潜在疾病的危险。</p>
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		<title>生物学实验视频网站JoVE</title>
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		<pubDate>Thu, 14 May 2009 02:50:26 +0000</pubDate>
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		<description><![CDATA[今天发现一个很好的生物学实验视频网站，Journal of Visualized Experiments 小名JoVE。它是由一群志同道合的生命科学研究人员创建的，除了一个Web-Developer，其余的都是相关学科博士。他们利用视频... ]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[<p>今天发现一个很好的生物学实验视频网站，Journal of Visualized Experiments 小名JoVE。它是由一群志同道合的生命科学研究人员创建的，除了一个Web-Developer，其余的都是相关学科博士。他们利用视频技术来采集和传输错综复杂的生命科学研究技术。在JoVE你可以看到很多基本的生物学实验操作，如PAGE电泳、蛋白胶染色、质粒转化等，更重要的是JoVE紧跟生命科学发展步伐，保持即时更新。<span id="more-953"></span></p>
<p>JoVE的宗旨是以可视化的方式弥补传统纸质文献的不足，将生物学领域最新的实验方法传播给生物学研究者和大众。</p>
<p>网速快、画面清晰，看起来很舒服。每个视频Protocol都配有详细的文字说明。学习的同时又可练习听力，真的很棒！</p>
<p>地址：http://www.jove.com<br />
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		<title>SCI影响因子查询及期刊缩写规则</title>
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		<pubDate>Thu, 30 Apr 2009 03:56:53 +0000</pubDate>
		<dc:creator>admin</dc:creator>
		
		<category><![CDATA[实验技术]]></category>

		<category><![CDATA[SCI]]></category>

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		<description><![CDATA[SCI（Science Citation Index, 科学引文索引）是美国科学情报研究所（ISI）出版的一部世界著名的期刊文献检索工具。SCI收录全世界出版的数、理、化、农、林、医、生命科学、天文、地理、环境、... ]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[<p>SCI（Science Citation Index, 科学引文索引）是美国科学情报研究所（ISI）出版的一部世界著名的期刊文献检索工具。SCI收录全世界出版的数、理、化、农、林、医、生命科学、天文、地理、环境、材料、工程技术等自然科学各学科的核心期刊。ISI通过它严格的选刊标准和评估程序挑选刊源，而且每年略有增减，从而做到SCI收录的文献能全面覆盖全世界最重要和最有影响力的研究成果。每年的SCI影响因子会在下一年度6月中旬左右出来。因此，2009年的SCI影响因子，应该在2010年才会出来。<span id="more-924"></span></p>
<p>现在最新的SCI影响因子是2008年出来的2007年度的IF。</p>
<p><strong>本站提供下载<a href="http://www.fileden.com/files/2008/9/18/2102909/SCI%E5%BD%B1%E5%93%8D%E5%9B%A0%E5%AD%902007.rar" target="_blank">&lt;&lt;右键另存为&gt;&gt;</a></strong></p>
<p>不过，查询某期刊的影响因子，必需先知道期刊缩写名，这个有<strong>很多规则</strong>：</p>
<p>1 单个词组成的刊名不得缩写<br />
部分刊名由一个实词组成，如Biomaterials，nature，science等不得缩写。</p>
<p>2 刊名中单音节词一般不缩写<br />
英文期刊中有许多单音节词，如FOOD，CHEST，CHILD，这些词不得缩写。如医学期刊hear and lung, 缩写为Heart Lung,仅略去连词and.但少数构成地名的单词，如NEW，SOUTH等，可缩写成相应首字字母。如New England Journal of Medcine,可缩写为N Engl J Med,不应略为New Engl J Med，South African Journal of Surgery可缩写为S Afr J Surg,不可缩写为South Afr J Surg.另外，少于5个字母（含5个字母）的单词一般不缩写，如Acta,Heart,Bone,Joint等均不缩写。</p>
<p>3 刊名中的虚词一律省略<br />
国外学术期刊刊名中含有许多虚词，如the,of,for,and,on,from,to等，在缩写时均省去。如Journal of chemistry缩写为J chem, Archives of Medical Research缩写为Arch Med Res.</p>
<p>4 单词缩写应省略在辅音之后，元音之前英文单词缩写一般以辅音结尾，而不以元音结尾。<br />
如American省略为Am,而不省略为Ame或Amer，Medicine或Medical缩写为Med,European缩写为Eur等。但 Science例外，缩写为Sci,可能是因为元音I之后又是元音E的缘故。缩写刊名每个词首字母必须大写，而不可全部都用大写或小写。</p>
<p>5 压缩字母法<br />
仅个别单词采用压缩字母方式缩写，如Japanese缩写为Jpn而不是Jan,National应缩写为Natl而不是Nat等。经常有读者将Japanese写成Jan是参考文献著录中常见的错误。如Japanese Journal of Ophthalmology，应缩写为Jpn J Ophthalmol,National   Cancer Institute Research Report缩写为Natl Cancer Inst Res Rep.而Nat是Nature和Natural的缩写，如Nature Medicine,Nature biotechnology分别缩写为Nat Med, Nat Biotechnol.另外CN是中国的国别代码，期刊缩写刊名中，ChinaChinese不得缩   写为CN，而应缩写为Chin.采用压缩写法是为了避免与其他常用缩写混淆。如Japanese 不能缩写为Jan,可能是Jan是January的固定缩写形式，National缩写为Natl而不缩写为Nat,可能是Nat是Nature和 Natural的缩写。</p>
<p>6 学科名称缩写<br />
刊名中学科名称缩写很常见，因而了解学科名缩写规则非常必要。凡以-ogy结尾的单词，一律将词尾-ogy去掉，如Cardiology缩写为 Cariol，Biology缩写为Biol,以-ics 结尾的学科名词，缩写时将-ics或连同其前面若干字母略去。如Physics,缩写为Phys,以-try结尾的词，缩写时将-try连同前面若干字母略去。如chemistry缩写为Chem,其中也包括其他形容词的缩写。</p>
<p>7 刊名中常用词和特殊单词的缩写<br />
期刊名中有些常用单词可以缩写为一个字母，如Journal缩写为J,Quarterly缩写为Q,Royal缩写为R,New缩写为N,South缩写为S等。</p>
<p>8 刊名首字母组合<br />
有些杂志名称缩写采用首字母组合，而且已被固定下来，一般都是国际上有较大影响的期刊，并得到国际上众多索引性检索工具的认同。如The Journal of American Medical Association缩写为JAMA，British Medical Journal缩写为BMJ等。</p>
<p>9 国家名称的缩写<br />
刊名中国家名称的缩写分为两种情况。如国家名称为单个词汇，缩写时常略去词尾或词的后部分若干字母。如American缩写为Am,British缩写为 Br,Chinese缩写为Chin等。而国家名称由多个词组组成时，常取每个词的首字母，如United States of America缩写为USA或US。</p>
<p>刚发现一个不错的<strong>在线查询SCI影响因子</strong>的网站：<span style="color: #666699;"><em>http://www.medsci.cn/sciif.asp</em></span><br />
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		<title>PCR增强剂</title>
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		<pubDate>Wed, 01 Apr 2009 10:15:06 +0000</pubDate>
		<dc:creator>admin</dc:creator>
		
		<category><![CDATA[实验技术]]></category>

		<category><![CDATA[PCR]]></category>

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		<description><![CDATA[PCR增强剂能够促进各种耐热DNA聚合酶对许多复杂结构的DNA模板（如高GC含量）的有效扩增，增加PCR反应的灵敏度和特异性。其原理是通过提高DNA聚合酶的热稳定性，降低模板DNA的二级结构等机制... ]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[<p>PCR增强剂能够促进各种耐热DNA聚合酶对许多复杂结构的<a href="http://sink.net.ru/2008/263/the-discovery-of-the-structure-of-dna-download.html" target="_blank">DNA</a>模板（如高GC含量）的有效扩增，增加<a href="http://sink.net.ru/2008/118/pcr-test-technology.html" target="_blank">PCR反应</a>的灵敏度和特异性。其原理是通过提高DNA聚合酶的热稳定性，降低模板DNA的二级结构等机制提高目的片段的产量。<span id="more-831"></span></p>
<p>常见的PCR增强剂有：二甲基亚砜（DMSO）、甘油、甲酰胺、硫酸铵，BSA等。</p>
<p>1. DMSO：改善GC含量高的DNA的变性情况，使聚合酶更容易在二级结构处延伸，但是当浓度高时（大于10％）时会降低保真性。</p>
<p>2. 甘油：提高产量，增加酶的稳定性，含量（5–20％）。</p>
<p>3. 甲酰胺：促进某些“引物－模板”退火，降低带有二级结构的DNA的变性温度，含量（1.25-10％）。</p>
<p>4. 硫酸铵：增加反应体系的离子强度，改变DNA的变性及退火温度，调节酶活。</p>
<p><strong>建议先摸索出合适的PCR Enhancer及其添加浓度后再进行PCR扩增。</strong><br />
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		<title>分子标记的种类</title>
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		<pubDate>Tue, 13 Jan 2009 02:46:09 +0000</pubDate>
		<dc:creator>admin</dc:creator>
		
		<category><![CDATA[实验技术]]></category>

		<category><![CDATA[分子标记]]></category>

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		<description><![CDATA[广义的分子标记是指可遗传的并可检测的DNA序列或蛋白质。蛋白质标记包括种子贮藏蛋白和同工酶（指由一个以上基因位点编码的酶的不同分子形式）及等位酶（指由同一基因位点的不同等位... ]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[<p>广义的分子标记是指可遗传的并可检测的DNA序列或蛋白质。蛋白质标记包括种子贮藏蛋白和同工酶（指由一个以上基因位点编码的酶的不同分子形式）及等位酶（指由同一基因位点的不同等位基因编码的酶的不同分子形式）。狭义的分子标记概念只是指DNA标记，这个界定现在已被广泛采纳。<span id="more-747"></span>本文也将分子标记概念限定在DNA标记范畴。</p>
<p>首先我们需要了解理想的分子标记需要具备那些条件：(1)具有高的多态性；(2)共显性遗传，即利用分子标记可鉴别二倍体中杂合和纯合基因型；(3)能明确辨别等位基因；(4)遍布整个基因组；(5)除特殊位点的标记外，要求分子标记均匀分布于整个基因组；(6)选择中性（即无基因多效性）；(7)检测手段简单、快速；(8)开发成本和使用成本尽量低廉；(9)在实验室内和实验室间重复性好（便于数据交换）。</p>
<p>但是，目前任何一种分子标记均不能满足以上所有要求。他们都有各种个性。</p>
<p><strong>1 限制性片段长度多态性</strong></p>
<p>1.1 限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism，缩写RFLP)是发展最早的分子标记技术。RFLP技术的原理是检测DNA在限制性内切酶酶切后形成的特定DNA片段的大小。因此凡是可以引起酶切位点变异的突变如点突变（新产生和去除酶切位点）和一段DNA的重新组织（如插入和缺失造成酶切位点间的长度发生变化）等均可导致 RFLP的产生。此技术及其从中发展出来的一些变型均包括以下基本步骤：DNA的提取、用限制性内切酶酶切DNA、用凝胶电泳分开DNA片段、把DNA片段转移到滤膜上、利用放射性标记的探针显示特定的DNA片段（通过Southern杂交）、分析结果。由于线粒体和叶绿体DNA较小，前三个步骤就完全可能检测出DNA片段的差异，所以往往不必要后面的几个步骤；对线粒体和叶绿体DNA进行的这种多态性差异检测在1980年之前就已出现，从理论上说，这种多态性也可称为RFLP。</p>
<p>1.2 一般选择单拷贝探针。但如果RFLP探针是来自拷贝数可变串联重复（Varible number of tandem repeats，缩写VNTR），则产生另一类因相同或相近序列的拷贝数变化所引起的多态性。凡是引起重复单位的大小和序列不同、基因组中重复的数目和分布不同等均可导致这种多态性的产生。在RFLP技术中有特殊用途（成为分子标记）的重复序列包括：(1) 小卫星(minisatellite)序列：重复单位(motif)约有碱基10－60个（也有16－100个碱基一说），在基因组中多次出现。(2) 微卫星(microsatellite)或简单重复序列(simple sequence repeats，缩写SSR)：重复单位含有1-5个碱基（也有2-8个碱基一说）。</p>
<p><strong>2 以PCR(聚合酶链式反应)为基础的分子标记</strong></p>
<p><span style="color: #3366ff;">2.1 随机扩增多态性DNA(random amplified polymorphic DNA，缩写RAPD)：</span></p>
<p><span style="color: #3366ff;">2.1.1 基本原理和特点：该技术用一个（有时用两个）随机引物（一般8－10个碱基）非定点地扩增DNA片段，然后用凝胶电泳分开扩增片段。其特点包括：(1)不需DNA探针，设计引物也不需要知道序列信息；(2)用一个引物就可扩增出许多片段（一般一个引物可扩增6－12条片段，但对某些材料可能不能产生扩增产物），总的来说RAPD在检测多态性时是一种相当快速的方法；(3)技术简单，RAPD分析不涉及Southern杂交、放射自显影或其它技术；(4)不象RFLP分析，RAPD分析只需少量DNA样品；(5)成本较低，因为随机引物可在公司买到，其价格不高；(6)RAPD标记一般是显性遗传（极少数是共显性遗传的），这样对扩增产物的记录就可记为“有/无”，但这也意味着不能鉴别杂合子和纯合子；(8)RAPD分析中存在的最大问题是重复性不太高，因为在PCR反应中条件的变化会引起一些扩增产物的改变；但是，如果把条件标准化，还是可以获得重复结果的;(9)由于存在共迁移问题，在不同个体中出现相同分子量的带后，并不能保证这些个体拥有同一条（同源）的片段；同时，在胶上看见的一条带也有可能包含了不同的扩增产物，因为所用的凝胶电泳类型（一般是琼脂糖凝胶电泳）只能分开不同大小的片段，而不能分开有不同碱基序列但有相同大小的片段。</span></p>
<p><span style="color: #3366ff;">2.1.2 RAPD技术的发展和相近的分子标记种类：下面提到的所有技术都是利用一个或两个短的富含GC碱基的随机引物：</span></p>
<p><span style="color: #3366ff;">DAF(DNA amplification fingerprinting)：与RAPD技术不同的是，在DAF分析中，引物浓度更高，引物长度更短（一般5－8个碱基），只有两个温度循环（在 RAPD中是三个温度循环），并且往往用聚丙烯酰胺凝胶电泳，DAF通常会产生非常复杂的带型。在DAF技术从基础上，又发展出了ASAP技术(arbitrary signatures from amplification profiles)使用了不同引物。</span></p>
<p><span style="color: #3366ff;">AP-PCR(arbitrarily primed polymerase chain reaction)：在AP-PCR分析中，扩增分为三个部分，每个部分要求的条件和组分的浓度存在差异；在第一个PCR循环中，引物浓度较高；引物长度不定，并且常常来自为其它目的而设计的引物（如M13通用测序引物）。</span></p>
<p><span style="color: #3366ff;">MAAP(Multiple Arbitrary Amplicon Profiling)：这是Caetano-Anolles (1994) 创造的一个词，想用来统称所有这些相关技术，但迄今为止这个词很少使用。</span></p>
<p>2.2 特定序列位点</p>
<p>特定序列位点(sequence-tagged site，缩写STS)是对由其特定引物序列所界定的一类标记的统称。利用特异PCR技术的最大优点是它产生的信息非常可靠，而不象RAPD、AFLP和利用随机探针产生的RFLP存在某种模糊性（如难以鉴别片段的来源）。这类分子标记主要包括以下几种分子标记：</p>
<p><span style="color: #ff00ff;">2.2.1 STMS(Sequence-tagged microsatellites)：通常又称为SSR，也可称为SSRP(Simple Sequence Repeat Polymorphisms)</span></p>
<p><span style="color: #ff00ff;">2.2.1.1 基本原理和特点：引物根据与微卫星重复序列两翼的特定短序列设计，用来扩增重复序列本身。由于重复的长度变化极大，所以这是检测多态性的一种有效方法。其特点包括：一般检测到的是一个单一的多等位基因位点；共显性遗传，故可鉴别杂合子和纯合子；得到的结果重复性很高。为了提高分辨力，通常使用聚丙烯酰胺凝胶电泳，它可检测出单拷贝差异。也可以在同一个反应试管中把PCR反应与不同的STMS引物结合起来（称为multiplexing），这可节省时间，但是，这只能在不同引物的产物在大小上不重叠的情况下才能使用。很显然，使用STMS技术的前提是需要知道重复序列两翼的DNA序列的信息，这一方面可以在其它种的DNA数据库中查询，否则就必须先建立含有微卫星的基因组文库，再从中筛选可用的克隆，进行测序，然后设计合适的引物。</span></p>
<p><span style="color: #ff00ff;">2.2.1.2 STMS的发展和相近的分子标记种类：</span></p>
<p><span style="color: #ff00ff;">1. 把与SSR互补的寡核苷酸作为多位点RFLP技术中的探针<br />
2. 把与SSR互补的寡核苷酸作为PCR引物（可单独作引物或与随机引物配合使用），扩增的是基因组DNA的特定片段：即MP-PCR和RAMPs<br />
3. 用标记的SSR探针与RAPD扩增片段杂交：即RAMPO或称为RAHM或RAMS<br />
4. 用5&#8242;或3&#8242;端加锚的SSR作引物：即ISSR。</span></p>
<p>2.2.2 加锚微卫星寡核苷酸(Anchored microsatellite oligonucleotides)</p>
<p>Zietkiewicz et al.(1994) 对STMS技术进行了发展，他们用加锚微卫星寡核苷酸作引物，对基因组节段而不是重复序列本身进行扩增。在SSR的5&#8242;端或3&#8242;端加上2－4个随机选择的核苷酸，这可引起特点位点退火。这样就能导致位于反向排列的间隔不太大的重复序列间的基因组节段进行PCR扩增。这类标记又被称为ISSR (inter-simple sequence repeat)、ASSR(anchored simple sequence repeats) 或AMP-PCR。这类标记往往是显性遗传的。在所用的两翼引物中，可以一个是ASSR引物，另一个是随机引物。如果一个是5&#8242;端加锚的ASSR引物，另一个是随机引物，则被RAMP技术。</p>
<p>2.2.3 SCAR(Sequence-characterized amplified regions)</p>
<p>SCAR标记是在RAPD技术的基础上发展起来的。其基本步骤是：先作RAPD分析，然后把目标RAPD片段（如与某目的基因连锁的RAPD片段）进行克隆和测序，根据原RAPD片段两末端的序列设计特定引物（一般比RAPD引物长，通常24个碱基），再进行PCR特异扩增，这样就可把与原RAPD片段相对应的单一位点鉴定出来。这样的位点就称为 SCAR。SCAR比RAPD和其它利用随机引物的方法在基因定位和作图中的应用更好，因为它有更高的可重复性（原因是使用的引物长），标记是共显性遗传的。</p>
<p>2.2.4 CAPS (Cleaved amplified polymorphic sequence)</p>
<p>CAPS技术又可称为PCR-RFLP。所用的PCR引物是针对特定的位点而设计的。其基本步骤是：先进行PCR扩增，然后将PCR扩增产物用限制性内切酶酶切，再用琼脂糖凝胶电泳将DNA片段分开，用EB染色，观察。与RFLP技术一样，CAPS技术检测的多态性其实是酶切片段大小的差异。在酶切前进行PCR产物检测，其多态性称为ALP。Neff et al. (1998) 在此基础上又发展出dCAPS技术(derived CAPS)，这是检测单核苷酸多态性的一种良好方法。</p>
<p>2.2.5 SPAR (single primer amplification reaction)</p>
<p>SPAR技术与RAPD技术相似的是也只用一个引物，但SPAR分析中所用的引物不是随机的，而是在SSR的基础上设计的，例如可能的序列是(TA)10或(CGA)6。扩增的是SSR之间的DNA序列。又称为MP-PCR(microsatellite-primed PCR)。</p>
<p>2.2.6 DAMD (directed amplification of minisatellite region DNA)</p>
<p>直接用小卫星的核心序列作引物进行扩增。</p>
<p>2.2.7 Inter-Alu PCR like genomic profiling</p>
<p>与SPAR技术相近，也只用一个引物，但所用的引物是在Alu序列（为中等重复序列）的基础上设计的，扩增的是Alu序列之间的DNA序列。</p>
<p>2.2.8 ISTR (inverse sequence-tagged repeat)</p>
<p>这种技术与SPAR技术也相近，也所用的引物是在copia序列〔反向重复序列〕的基础上设计的，扩增的是copia序列之间的DNA序列。</p>
<p>2.2.9 IFLP (intron fragment length polymorphism)</p>
<p>检测的对象是内含子的长度差异。</p>
<p>2.2.10 RAMPO (random amplified microsatellite polymorphism)</p>
<p>RAMPO 的英文全名与RAMP的英文全名相近，但实验方法却不同。RAMPO的基本步骤是：先用一个单一的随机引物（即RAPD引物）对基因组DNA扩增，用电泳将扩增片段分开，然后，把凝胶转移到尼龙膜上，使之与一个带有放射性标记（或其它标记）的与SSR互补的寡核苷酸探针杂交，放射自显影后可得到新的多态性类型。</p>
<p>2.2.11 先找到RFLP标记后，对RFLP探针进行测序，再合成适当的PCR引物，这样可发现新的STS标记。这也可称为RFLP-PCR。</p>
<p><span style="color: #008000;">2.3 扩增片段长度多态性(Amplified Fragment Length Polymorphism，缩写AFLP)：其特点是把RFLP和PCR结合了起来。其基本步骤是：把DNA进行限制性内切酶酶切，然后选择特定的片段进行PCR扩增(在所有的限制性片段两端加上带有特定序列的“接头”，用与接头互补的但3&#8242;端有几个随机选择的核苷酸的引物进行特异PCR扩增，只有那些与3&#8242;端严格配对的片段才能得到扩增)，再在有高分辨力的测序胶上分开这些扩增产物，用放射性法、荧光法或银染染色法均可检测之。这种技术又称为“选择性限制性片段扩增”。Arencibia et al. (1998) 在AFLP的基础上发展出AFRP技术(amplified fragment random polymorphism)，加的PCR引物中一侧为AFLP引物，一侧为随机引物。</span></p>
<p>2.4单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，缩写SNP）技术</p>
<p>同一位点的不同等位基因之间常常只有一个或几个核苷酸的差异，因此在分子水平上对单个核苷酸的差异进行检测是很有意义的。目前SNP作为一种新的分子标记，已有2000多个标记定位于人类染色体上，在植物上也在进行开发研究。可在胶上也可不在胶上就能检测出SNP，但检测SNP的最佳方法是新近发展起来的DNA芯片技术。</p>
<blockquote><p>本文作者为中国农科院作科所 黎裕，贾继增，王天宇三位老师</p></blockquote>
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		<title>生物技术方法收集站</title>
		<link>http://sink.net.ru/2008/622/biology-protocol-search-online.html</link>
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		<pubDate>Thu, 06 Nov 2008 03:36:26 +0000</pubDate>
		<dc:creator>admin</dc:creator>
		
		<category><![CDATA[实验技术]]></category>

		<category><![CDATA[protocol]]></category>

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		<description><![CDATA[就像大夫看病要看“药方”一样，从事科研工作也有“药方”——protocol。本人从事生命科学研究，常常会受限于一些实验方法，除了查询相关文献，书籍外。还可通过internet更迅速、方便的sear... ]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[<p>就像大夫看病要看“药方”一样，从事科研工作也有“药方”——protocol。本人从事生命科学研究，常常会受限于一些实验方法，除了查询相关文献，书籍外。还可通过internet更迅速、方便的search。在这里列举一些常用的生物技术方法（Protocol）收集站<span id="more-622"></span></p>
<p>首推<a href="http://www.bioon.com/biotech.htm">http://www.bioon.com/biotech.htm</a>，该站聚合了常见的生物医学protocol网站，对您的实验一定很有帮助</p>
<div>几个经典的protocol网站:</div>
<div>(1)iprotocol：<a href="http://iprotocol.mit.edu/">http://iprotocol.mit.edu/</a><br />
有近三百种方法，涉及Animal Studies、Biochemistry、Bioengineering、Bioinformatics、Biophysics、 Cell Biology Genetics 、Molecular Biology各个方面<br />
(2) <a href="http://www.protocol-online.org/">http://www.protocol-online.org/</a></div>
<div>Protocol Online在线实验方法: 是最好的实验方法站点之一！现重新开张，是华人李龙承所办。比较欣赏这个网站还有一个交流的板块，大家有问题可以在那里集中交流一下，不过是一个典型的英文网站，看的时候要有耐心。<br />
(3) <a href="http://www.bioprotocol.com/">http://www.bioprotocol.com/</a></div>
<div>生物技术（BioProtocol）系Bio.com内容之一，是目前最完善的生物技术收集站之一，非常全面，包括动植物、果蝇、线虫、分子生物、细胞生物等。</div>
<p>还有很不错的实验方法的站点<a href="http://www.bioon.com/experiment/">http://www.bioon.com/experiment/</a> ，有许多实验中的疑难问题的解决方法。生物谷信息很齐全，但是要求最好善用“搜索”功能，同时还要仔细筛选信息。<br />
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		<title>RNAi原理演示</title>
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		<pubDate>Thu, 31 Jul 2008 08:23:27 +0000</pubDate>
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		<category><![CDATA[实验技术]]></category>

		<category><![CDATA[flash]]></category>

		<category><![CDATA[RNAi]]></category>

		<category><![CDATA[youtube]]></category>

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		<description><![CDATA[RNA干扰（RNA interference，RNAi）是真核生物体内由双链RNA（double-stranded RNA，dsRNA）介导的降解同源RNA的现象,是一种进化上保守的抵御转基因或外来病毒侵犯的防御机制.在细胞中，长的dsRNA被类似RN... ]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[<p><a href="http://sink.net.ru/2008/123/rna-interference-success-and-endurance.html" target="_blank">RNA干扰</a>（RNA interference，RNAi）是真核生物体内由双链RNA（double-stranded RNA，dsRNA）介导的降解同源RNA的现象,是一种进化上保守的抵御转基因或外来病毒侵犯的防御机制.在细胞中，长的dsRNA被类似RNA酶Ⅲ的Dicer酶切割成21～26个核苷酸的干扰性小RNA（small interfering RNA，siRNA）。随后，siRNA与蛋白复合物结合后形成RNA诱导沉默复合物（RNA-induced silencing complex，RISC），并解链。而有活性的RISC在其中的siRNA反应链指导下同与其互补的转录物结合，导致RNA的降解。<span id="more-517"></span></p>
<p>自从2006年诺贝尔医学奖颁发给RNA干扰技术的发明者安德鲁·菲尔和克雷格·米洛之后， RNAi技术火的不得了，什么都要往上沾边，呵呵，我也曾今把这个原理应用到我的试验中。最近在网络上收集到两个不错的RNAI视频，整理到这里，大家发动脑筋，看能不能从中有所收获&#8230;</p>
<p>flash演示：<br />
<img src="http://img402.imageshack.us/img402/4270/rnaieg8.swf" alt="Image Hosted by ImageShack.us" /><object classid="clsid:d27cdb6e-ae6d-11cf-96b8-444553540000" width="450" height="400" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=6,0,40,0"><param name="src" value="http://img402.imageshack.us/img402/4270/rnaieg8.swf" /><embed type="application/x-shockwave-flash" width="450" height="400" src="http://img402.imageshack.us/img402/4270/rnaieg8.swf"></embed></object><br />
How does RNAi work? Genetic and biochemical data indicate a possible two-step mechanism for RNA interference (RNAi): an initiation step and an effector step.</p>
<p><strong>a </strong>In the first step, input double-stranded (ds) RNA is processed into 21–23-nucleotide &#8216;guide sequences&#8217;. Whether they are single or double stranded remains an open question. An RNA amplification step (shaded box) has been suggested on the basis of the unusual properties of the interference phenomenon in whole animals, but this has not been reproduced definitively in vitro.</p>
<p><strong>b </strong>The guide RNAs are incorporated into a nuclease complex, called the RNA-induced silencing complex (RISC), which acts in the second effector step to destroy mRNAs that are recognized by the guide RNAs through base-pairing interactions. We also suggest the incorporation of an active mechanism to search for homologous mRNAs.</p>
<p>优酷上的视频（中文字幕）<br />
<object classid="clsid:d27cdb6e-ae6d-11cf-96b8-444553540000" width="480" height="400" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=6,0,40,0"><param name="align" value="middle" /><param name="src" value="http://player.youku.com/player.php/sid/5123984/v.swf" /><embed type="application/x-shockwave-flash" width="480" height="400" src="http://player.youku.com/player.php/sid/5123984/v.swf" align="middle"></embed></object><br />
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		<pubDate>Mon, 02 Jun 2008 06:58:35 +0000</pubDate>
		<dc:creator>admin</dc:creator>
		
		<category><![CDATA[实验技术]]></category>

		<category><![CDATA[youtube]]></category>

		<category><![CDATA[基因枪]]></category>

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		<description><![CDATA[以前给大家介绍过基因枪操作视频，当时提供了下载，不过有朋友反映下载不全，经验证，确实如此（感谢 			hmilybaby 提醒），现放到youtube

看完part1，感兴趣的请到我的youtube浏览全部。
另外... ]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[<p>以前给大家介绍过<a href="http://sink.net.ru/2008/39/gene-gun-operating-video-recommended.html" target="_blank">基因枪操作视频</a>，当时提供了下载，不过有朋友反映下载不全，经验证，确实如此（感谢 			hmilybaby 提醒），现放到youtube<br />
<object classid="clsid:d27cdb6e-ae6d-11cf-96b8-444553540000" width="425" height="355" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=6,0,40,0"><param name="wmode" value="transparent" /><param name="src" value="http://www.youtube.com/v/5wcKt_Sf3rE&amp;hl=zh_HK" /><embed type="application/x-shockwave-flash" width="425" height="355" src="http://www.youtube.com/v/5wcKt_Sf3rE&amp;hl=zh_HK" wmode="transparent"></embed></object><span id="more-349"></span></p>
<p>看完part1，感兴趣的请到<strong>我的<a href="http://www.youtube.com/user/lyw1228" target="_blank">youtube</a></strong>浏览全部。</p>
<p>另外，与大家<strong>分享<a href="http://sink.net.ru/">我的</a>基因枪操作protocol</strong>，希望对您的实验有所帮助<br />
1)	将BIO-RAD基因枪放置在较大型号的超净工作台上，紫外灯杀菌30 min以上，70%乙醇擦净基因枪真空室及各部件；<br />
2)	阻挡网和装膜器在70%酒精中浸泡15 min，用酒精灯烤干；<br />
3)	载体膜、可裂膜（1100psi）于70%乙醇中消毒15 min，然后置于无菌滤纸上，在超净台上吹干；<br />
4)	装弹，取10 <span style="font-size: 12pt; font-family: Symbol;" lang="EN-US"></span>μl子弹液均匀涂在载体膜中央，待干；<br />
5)	取出盛载体膜的器件，拧开盖子，先将阻挡网放入凹槽中，然后把装有载体膜的器件倒扣于凹槽上，拧紧盖子；<br />
6)	可裂膜装在固定盖中，并旋紧；<br />
7)	将组装好的盛载体膜的器件放在真空室上数第二个格子里，载有要轰击的愈伤组织的培养皿放在上数第四个格子里，轰击距离为5 cm；<br />
8)	抽真空：按VAC键，当真空度达到25～28 inches Hg时，将VAC键直接锁定在HOLD位置；<br />
9)	轰击：按住FIRE键，直至可裂膜爆裂，再按VENT键，使真空表指针回零，打开真空室小门，取出样品。<br />
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		<title>《双螺旋—发现DNA结构的故事》免费下载</title>
		<link>http://sink.net.ru/2008/263/the-discovery-of-the-structure-of-dna-download.html</link>
		<comments>http://sink.net.ru/2008/263/the-discovery-of-the-structure-of-dna-download.html#comments</comments>
		<pubDate>Sat, 26 Apr 2008 04:49:08 +0000</pubDate>
		<dc:creator>admin</dc:creator>
		
		<category><![CDATA[实验技术]]></category>

		<category><![CDATA[DNA]]></category>

		<category><![CDATA[下载]]></category>

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		<description><![CDATA[《双螺旋—发现DNA结构的故事》一书是沃森写的自己亲身经历的重大事件印象记。书中不仅有科学知识，亦有科学工作方法。
沃森和克里克于1953年提出的DNA分子结构模型可以与达尔文的进化论... ]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[<p><img style="float: right; margin: 0px 0px 10px 10px; width: 130px; height: 145px" src="http://sink.net.ru/wp-content/uploads/james-dwatson.jpg" border="0" alt="" width="130" height="145" />《双螺旋—发现DNA结构的故事》一书是沃森写的自己亲身经历的重大事件印象记。书中不仅有科学知识，亦有科学工作方法。</p>
<p>沃森和克里克于1953年提出的DNA分子结构模型可以与达尔文的进化论，孟德尔的遗传定律相媲美。他们指出，遗传的基本物质—脱氧核糖核酸（DNA） 具有一种微妙的双螺旋结构。这一重大发现为探讨遗传的化学基础开辟了一个新纪元，引起了生物学的一场伟大革命。其结果是在此后不久就完全阐明了遗传密码问 题。由于这一伟大科学成果，沃森和克里克于1962年获得了诺贝尔奖。</p>
<p>本人从网上下载该资源，整理成PDF文件，与大家分享。最后感谢本书的中文译者们！<span id="more-263"></span></p>
<p style="text-align: center;"><a href="http://hebgene.googlepages.com/DNA.pdf"><img class="alignnone size-medium wp-image-265" title="the-double-helix" src="http://sink.net.ru/wp-content/uploads/the-double-helix-300x195.jpg" alt="" width="300" height="195" /></a></p>
<h5 style="text-align: center;">点击图片下载（建议）或打开</h5>
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